Koulutusliikelaitoksen toimintaa johtaa johtokunta. Johtokunta edistää, ohjaa ja valvoo koulutusliikelaitoksen toimintaa. Johtokunta vastaa koulutusliikelaitoksen hallinnon ja toiminnan sekä sisäisen valvonnan asianmukaisesta järjestämisestä. Johtokunta valvoo koulutusliikelaitoksen etua. Johtokuntaan kuuluvat jäsenet myös Kuusamosta, Suomussalmelta ja Kuhmosta.
Johtokunnan puheenjohtajana toimii Raimo Tornberg Kajaanista ja varapuheenjohtaja Anne Koski-Heikkinen Kuusamosta. Esittelijänä toimii liikelaitoksen johtaja ja sihteerinä hallintosihteeri.