Vesistöjen tilaa heikentävät eniten haja- ja pistelähteistä tuleva kuormitus sekä ilmaperäisestä laskeumasta aiheutuva rehevöittävien aineiden, fosforin ja typen kuormitus. Hajakuormitusta aiheuttavat edelleen haja-asutuksen jätevedet, maa- ja metsätalous sekä turvetuotanto. Pistekuormitusta aiheuttavat teollisuus ja kaivannaistoiminta sekä yhdyskuntien jätevedenpuhdistamot.
Haja-asutuksen vesiensuojelun haasteet
Haja- ja loma-asutuksen jätevedet ovat maatalouden ja teollisuuden jälkeen vesistöjen suurimpia fosforikuormittajia. Puutteellisesti käsitellyt jätevedet voivat pilata pohjaveden ja kaivon tai heikentää asuinympäristön hygieenistä tilaa ja lähivesien laatua. Jätevesien kuorituksen osuus on ollut laskussa kiinteistöjen tehokkaampien jätevesien käsittelytekniikoiden sekä jätevesiverkostojen rakentamisten myötä.
Maatalouden vesistökuormitus
Maatalouden vesiensuojelussa keskeisiä asioita ovat pellon kasvukunnosta huolehtiminen, kasvien tarpeen mukaisesta lannoitus, peltojen talviaikainen kasvipeitteisyys ja suojakaistojen ja -vyöhykkeiden jättäminen vesistöihin. Kotieläintilojen suurimmat ympäristövaikutukset aiheutuvat lannan varastoinnista ja käytöstä.
Metsätalouden vesistöpäästöt
Vesistökuormituksen kannalta merkityksellisimpiä ja pohjavesille pilaantumisriskiä aiheuttavia metsätaloustoimenpiteitä ovat kunnostusojitus, maanmuokkaus, lannoitus, kantojen nosto sekä hakkuut osin suurien toteutusmääriensä vuoksi. Kivennäis- ja turvemaiden käsittelyt aiheuttavat mm. kiintoaineen huuhtoutumista vesiin laajoilla alueilla.
Turvetuotannon päästöt
Turvetuotantoalueilta huuhtoutuu vesistöihin kiintoainetta, humusta, ravinteita ja rautaa. Kuormitus on suurimmillaan suurten virtaamien aikana. Tuotannon aiheuttamia vesistöhaittoja voidaan vähentää oikealla sijoituspaikan valinnalla ja suojavyöhykkeillä, teknisillä rakenteilla ja niiden kunnossapidolla sekä toimien ajoittamisella
Teollisen toiminnan pistekuormitus
Teollinen toiminta aiheuttaa paikallisesti erilaisten orgaanisten aineiden ja metallien kuormitusta, joskin kuormitus on lupamääräyksillä pyritty saattamaan mahdollisimman haitattomalle tasolle. Kaivostoiminnan kasvu on aiheuttanut varsinkin metallikuormituksen lisääntymistä kaivosten lähivesissä. Paikallisesti pinta- ja pohjavesien tilaa heikentävät myös eri toiminnoista peräisin olevat orgaanisten aineiden sekä metallien ja muiden epäorgaanisten aineiden päästöt.
Yhdyskuntien vesiensuojelun haasteet
Yhdyskuntien jätevedet ovat viiden suurimman vesistökuormittajan joukossa Suomessa. Jätevesien käsittelyn tehostuminen viime vuosikymmeninä on selvästi pienentänyt erityisesti orgaanisen aineen ja fosforin vesistökuormitusta. Typen poisto on haasteellisempaa. Yksi keskeisimmistä haasteista viemärilaitostoiminnassa on vanhan viemäriverkoston saneeraus sekä sade- ja sulamisvesistä syntyvien hulevesien käsittely